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本发明公开了一种提高马铃薯病毒病脱除效率的方法，对幼苗期马铃薯苗进行热处理脱毒，包括如下步骤：1)将白天的温度从22～24℃升至34～36℃，将夜晚的温度从20～22℃升至31～33℃；白天和夜晚均采取分步骤的方式进行升温，待白天和夜晚的温度均升至指定温度后，进入下一步；2)白天温度处理时间增加2h，夜间温度处理时间减少2h，按照白天34～36℃、夜晚31～33℃的温度，持续处理5～7天；置于自然条件下，生长3～4天；3)重复步骤1)‑2)1～3次；4)对成活的马铃薯苗剥取长度为0.4～0.5mm的茎尖接种于培养基MS+IAA0.1mg/L+KT0.1mg/L中进行培养，28d后统计成活率，49d后统计脱毒率。本发明显著提升了马铃薯病毒病的脱除效率，确保了成活率；且操作简便。