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本发明涉及医学图像处理领域，尤其涉及一种基于可编程逻辑门阵列的骨龄评估方法及系统；所述方法包括获取手骨图像并预处理；分批次从可编程逻辑门阵列中的存储器调用训练完成的卷积神经网络的权重参数和偏置参数，对手骨图像进行卷积处理，对卷积层的手骨特征图进行归一化处理和激活处理；将激活处理后的手骨特征图通过仲裁转换后从存储器中按批次通过AXI4总线传输到池化模块中，直至完成所有卷积层的池化操作；将池化操作后的手骨特征图输入到全连接层中，进行softmax分类后得到手骨图像的骨龄评估结果。本发明的可编程逻辑门阵列通过并行方式对不同卷积层的数据进行处理，能加快卷积神经网络的运行处理速度，提高评估的效率。