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本发明公开一种新型的自驱动微纳米马达输运系统、运输方法及模拟方法，属于自驱动微纳米马达领域。输运系统包括初始腔室、通道、收集点和各种粒子，粒子包括溶液粒子A、燃料粒子B、产物粒子P和微纳米马达。模拟方法包括：构建输运系统的物理模型；确定初始状态参数，包括温度、质量、尺寸、所有粒子的初始位置；计算并更新下一个时间步长的溶液粒子的位置和速度；计算二聚物马达受力，通过Verlet算法计算二聚物马达的当前位置和速度；更新并输出二聚物马达的当前位置，速度和受力数据；回到第三步模拟下一个时间步长直到仿真结束。本发明降低了操作的复杂性，对原环境影响小；简化活性粒子的输运通道设计，提高输运效率；设计更加环保。