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本发明涉及航道监测技术领域，具体地说，涉及港口航道水深实时监测方法及系统。其包括：S1、在航道内选择监测点，在监测点安装用于监测航道水域数据的智能浮标，智能浮标用于监测航道水域数据，同时部署声学多普勒流速剖面仪以监测水底流速；S2、将声纳系统和声学多普勒流速剖面仪采集到的航道水域数据；S3、构建航道沉淀模型，并结合经过预处理后的实时航道水域数据，引入时间依赖函数，校正实时水深数据因淤泥回淤造成的测量误差；S4、基于上述步骤S1‑S3，构建包含多个监测点的网络，形成航道的立体监测体系。通过建立初步的沉积速率与水底平均流速的航道沉淀模型，并引入时间依赖函数和地形因子，并提高航道未来水深变化的预测准确度。