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本发明公开基于协作相容性的工作流分配优化方法及其系统。本发明分析现有日志，计算协作相容性；当新任务需分配时统计候选执行者集合，并计算当前负载、相对预测负载；判断当前任务有无交互任务，若无则找出当前负载最小的候选执行者分配之；若有则遍历所有交互任务，如该任务已分配执行者，计算执行者间协作相容性总和；如该任务未分配执行者，则考察所有处于轻、中负载执行者集合中候选执行者，计算协作相容性总和；找到协作相容性最大值的执行者组合，将当前任务分配之；直至流程中所有任务全部被分配完成。本发明提出的基于协作相容性与负载均衡的任务分配算法，能够优化流程中执行者间的负载均衡，并提高整个流程实例的执行效率。