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本发明公开了一种边界约束的三维构造地质模型构建方法，包括以下步骤：S1、进行交线估计，包括以下子步骤：S11、对原始构造解释数据进行平滑去噪处理；S12、提取层位面上的极值点；S13、根据极值点对层面数据进行分段，找到参与交线估计的有效层位数据；S14、在解释剖面上估计曲面的交点；S15、将交点拟合为交线；S2、用一个交点偏移在二维平面的扩散模型对原始数据的调整量进行建模。本发明根据原始构造解释数据通过计算估计得到构造模型地质曲面的边界约束条件，再在约束下进行地质曲面重构和地质体生成，提高了构造建模方法的有效性和效率。并且有曲面边界约束建模的机制，就能使得建模过程更鲁棒、更准确，减少和代替部分人机交互。