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本发明属于野生动物保护技术领域，具体涉及一种人类干扰对野生动物健康风险影响的评价方法。该评价方法包括以下步骤：(1)提取野生动物粪便的DNA，对野生动物肠道细菌进行16SrRNA测序和宏基因组测序；(2)将所有的ORFs与抗生素抗性基因(ARG)数据库和毒力因子(VFG)数据库比对，提取出所有潜在的ARG或VFG序列的ORFs；同时含有ARG和VFG序列为潜在的耐药性致病基因(PAVF)；(3)根据样本PAVF基因的丰度，判断所述野生动物健康风险。该方法可以有效的评价人类干扰对野生动物健康的影响，而且通过PAVF的细菌种类和野生动物肠道中蛋白酶活力和营养物质含量分析验证了该方法的有效与准确性。