本发明公开了一种METTL6基因抑制剂及其应用,涉及分子生物学领域。所述抑制剂为抑制METTL6基因表达的siRNA、shRNA或METTL6基因干扰慢病毒中的一种;其中,siRNA的靶序列如SEQ ID NO.1或SEQ ID NO.2所示;shRNA核苷酸序列正义链如SEQ ID NO.3,反义链如SEQ ID NO.4所示;或正义链如SEQ ID NO.5,反义链如SEQ ID NO.6所示。本发明的抑制剂能够有效抑制METTL6基因的表达,对癌细胞的细胞增殖、细胞迁移和侵袭具有较高的抑制效率,具备良好的药物开发前景。