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本发明公开了一种乳酸菌颗粒胶囊的制备方法，包括菌株的制备：将乳酸菌接种于含有甘露醇的MRS液体培养基中菌株驯化，收获的最佳时间为菌种生长稳定期的中前期，将结束培养的乳酸菌液离心收集菌泥，后用PBS缓冲液对菌泥洗涤，再次离心收集获得乳酸菌的湿菌泥，加入无菌水搅拌后加入抗氧化剂，获得乳酸菌制粒的菌芯；菌芯的制粒：所得菌芯使用第一层包衣剂包衣得到轻压即散的湿菌粉；对湿菌粉进行第一次制粒后用第二层包衣剂进行第二层包衣，第二次制粒后菌粒干燥得到乳酸菌颗粒；胶囊包装。本发明采用甘露醇驯化提高菌体的耐受性，降低在后处理的菌活性损失；在生长稳定期的中前期收获的乳酸菌在制备成菌剂后可最大程度的保存菌株活性。