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本发明属于水体采样技术领域，公开了一种水体采样用灌装封装机构及相应的水体自动采样系统，其中的水体采样用灌装封装机构包括叶轮模块、自动灌装模块和自动压盖模块；其中的水体自动采样系统包括具有动力系统的船体以及装配在船体上的采样机构、采样瓶转运机构和如上所述的水体采样用灌装封装机构；水体采样用灌装封装机构的下方对应形成灌装工位；采样机构的出水口与叶轮模块的进水口连通；采样瓶转运机构用于控制采样瓶在灌装工位处流转。本发明将取样、灌装、封装和收纳功能集成于一体，取样时能减少人工干预，提高水样采集效率和精度，适合在环境监测、水质分析、生态研究及其他需要高频次、高精度水样采集的场合中使用。