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本发明提出的一种基于多NDP协同主机端执行并行任务的KV存储系统优化方法，首先在存储系统中设置多个NDP设备，组成多NDP的可计算存储阵列，每一个NDP设备设置一个对应的键值阈值，并根据键值阈值对NDP设备进行排序，获取各NDP设备的键值区间；主机端将获取的存储数据分发到各NDP设备进行存储；当触发压缩任务时，首先获取参与压缩的文件，结合参与压缩的文件的键值范围和键值阈值，将参与压缩的文件分配到对应的NDP设备进行压缩和存储。本发明通过压缩任务的动态分割和分配，达到主机端CPU与NDP设备阵列多CPU协同的效果，且实现了NDP设备与键值存储系统的横向扩展能力，通过NDP设备阵列扩展了存储资源和计算资源。